Prenez position maintenant pour arrêter les variantes de COVID-19

Le virus original du SRAS-CoV-2 a été détecté pour la première fois à Wuhan, en Chine, à l’automne 2019. En quelques mois seulement, il s’était rapidement propagé dans le monde, provoquant une maladie grave et des centaines de

des milliers de morts. Au printemps, il était évident que le virus avait changé et muté, la mutation de la protéine de pointe était désignée par D614G. (Cette nomenclature signifie que l’aspartate a été remplacé par la glycine en position 614). Une étude de Korber B, et al., du Los Alamos National Laboratory et Sheffield COVID-19 Genomics Group a rapporté dans une prépublication que le virus augmentait à un « taux alarmant » et que le virus avait un «avantage de remise en forme. Ils ont signalé que la détection de D614G était associée à moins de cycles de PCR, indiquant des charges virales plus élevées. Les auteurs ont également présenté des preuves de recombinaison entre des souches produisant des virus hybrides.

Ce rapport aurait dû sonner l’alarme, mais au lieu de cela, les résultats ont été minimisés, tout comme les preuves d’une transmissibilité accrue. La publication finale en Cellule, a laissé tomber le mot “alarmant. ” Le terme « aptitude » a été présenté par les décideurs comme un changement non important.

Le récit selon lequel le SRAS-CoV-2 n’avait pas un taux de mutation élevé et, par conséquent, ne formerait pas rapidement de variantes a été renforcé par la découverte que le SRAS-CoV-2 avait un taux de mutation environ la moitié de celui du grippe saisonnière. En effet, le SARS-CoV-2 possède une enzyme réparatrice conçue pour corriger les erreurs de réplication. Avec la grippe saisonnière, nous rencontrons une nouvelle souche par an et avons un vaccin prêt pour son émergence. Ainsi, on espérait qu’un vaccin contre le SRAS-CoV-2 pourrait être produit et administré chaque année, peut-être moins fréquemment, pour contrôler la pandémie.

Korber, et al., était un exemple de données ne correspondant pas à l’hypothèse et la réponse de beaucoup trop était d’essayer de ne pas tenir compte des données. Cependant, il existe maintenant une pléthore de recherches documentant une transmissibilité accrue du D614G. Mais un problème encore plus important se profilait.

Lorsque le virus se réplique, il peut muter. Si la réplication et la transmission augmentent, les mutations augmentent également. Le type sauvage du SRAS-CoV-2 est au moins 3 fois plus infectieux que la grippe saisonnière4 et la souche D614G augmente encore l’infectiosité en générant 4 à 5 fois le nombre de protéines de pointe sur sa capsule, augmenter sa transmissibilité. Cela a ouvert la voie à des mutations rampantes. Il est peut-être vrai que chaque virus mute deux fois moins que la grippe saisonnière mais avec une transmissibilité accrue, le SRAS-CoV-2 a rapidement muté et dépassé la grippe saisonnière avec l’émergence de nouvelles variantes.

Le virus peut évoluer et s’adapter à son environnement de 2 manières. L’une est une mutation ponctuelle ou une substitution d’un acide aminé spécifique en raison d’une erreur dans la réplication. L’autre est par recombinaison lorsque le virus échange de grandes parties de son code génétique avec un autre virus. Kober et al., ont trouvé des preuves de recombinaison avec le SRAS-CoV-2. La recombinaison est favorisée par des taux élevés d’infections communautaires et ouvre la voie à la création de super-variantes.

En novembre 2020, il est devenu évident que le virus était en train de muter et à un taux rapide. Le site Web nextstrain.org illustre de manière frappante la myriade de lignées et de mutations du SRAS-CoV-2. Il ne devrait faire aucun doute que le SRAS-COV-2 a un taux élevé de mutation.

On espérait également que tout changement significatif dans la protéine de pointe réduirait également la capacité du SRAS-CoV-2 à se fixer à la cellule. Cela ne s’est bien sûr pas produit. Fin 2020, une variante est apparue en Afrique du Sud (B.1.351) avec une mutation d’échappement immunitaire, E484K, parfois appelée mutation « EeK ». En avril 2021, un certain nombre d’autres virus du SRAS-CoV-2 de différentes lignées avaient développé indépendamment la mutation E484K, y compris la variante brésilienne (P.1) et certaines souches de la variante de New York (B.1.536) et des États-Unis. Variante du royaume (B.1.1.7). C’était un exemple d’évolution convergente, et certains pensaient que le virus avait peut-être atteint un plateau évolutif, car tant de lignées différentes acquéraient la même solution pour échapper partiellement à l’immunité.

À cette époque, le nombre de variantes devenait si nombreux et les chiffres et lettres correspondants utilisés pour désigner les noms étaient si complexes qu’un nouveau système de nomenclature était nécessaire. L’utilisation du pays ou de la région d’origine n’est généralement pas utilisée, car elle peut politiser une pandémie. Le meilleur exemple est celui de la grippe espagnole, une pandémie dont le premier cas connu s’est produit au Kansas, aux États-Unis. Les États-Unis et l’Europe ne voulaient pas reconnaître l’infection ou l’impact massif qu’elle avait sur nos troupes de la Première Guerre mondiale, car cela pourrait enhardir l’armée allemande. L’Espagne, en revanche, était neutre dans la guerre et totalement transparente concernant la pandémie. Son monarque, le roi Alphonse XIII, est tombé gravement malade de la grippe et le pays a ensuite été blâmé pour la pandémie.

Par conséquent, l’OMS a décidé de nommer les principales variantes avec des lettres grecques comme indiqué dans le tableau ci-dessous.

Le SARS-CoV-2 Interagency Group (SIG) du gouvernement américain a également priorisé les variantes en les classant en trois catégories en fonction de leur impact sur la civilisation.

Variante d’intérêt : Le virus a des fabricants génétiques spécifiques qui peuvent affecter la transmission, le diagnostic, la thérapeutique ou l’évasion immunitaire. Il est prouvé que la variante est la cause d’une proportion accrue de cas, ou qu’elle peut provoquer des épidémies uniques. Mais il a une prévalence limitée aux États-Unis ou dans d’autres pays.

Variante préoccupante : A un impact significatif sur les diagnostics, les traitements ou les vaccins, Augmentation de la transmissibilité et/ou Augmentation de la gravité de la maladie.

Variante de haute conséquence : Impact élevé sur les contre-mesures, y compris l’échec des tests de diagnostic, une faible protection vaccinale contre les maladies graves ainsi qu’une maladie clinique plus grave et une augmentation des hospitalisations.

Le SARS-CoV-2 a continué d’évoluer. Il est maintenant devenu évident qu’avec chaque variante émergente, le virus semble devenir progressivement plus infectieux. Les variantes qui augmentent la charge virale peuvent également augmenter la transmissibilité et la possibilité de muter, tout en submergeant le système immunitaire de l’hôte et en devenant plus virulentes. Pour aggraver les choses, le SRAS-CoV-2 infecte un certain nombre d’animaux, notamment les chats, les grands chats, les chiens et gorilles. Plus récemment, des inquiétudes ont été exprimées quant au fait qu’il pourrait avoir trouvé un hôte animal chez le cerf de Virginie, avec des anticorps SARS-CoV-2 identifiés dans 40% des cas. animaux enquêtés.

Une mutation en Inde, la variante delta, a acquis plusieurs mutations importantes (dont L452R, P681R, D614G, T478K) et, à l’été 2021, est devenue la souche dominante aux États-Unis et au Royaume-Uni. Cette variante a acquis une autre mutation importante, K417N, devenant le delta Plus.

Beaucoup de ces variantes semblent être efficaces pour échapper à l’immunité. Anthony Fauci, MD, directeur de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses et conseiller médical en chef du président Biden, a témoigné lors de l’audience du Sénat :

« Dans l’étude sud-africaine menée par Johnson & Johnson, ils ont découvert que les personnes (non vaccinées) infectées par le type sauvage étaient exposées à la variante en Afrique du Sud, le 351. C’était comme si elles n’avaient jamais été infectées auparavant. Ils n’avaient aucune protection. “

Au début de l’automne 2020, on supposait que la ville de Manaus, au Brésil, avait atteint l’immunité collective avec les deux tiers de sa population ayant des anticorps contre le SRAS-CoV-2 (et d’autres sans anticorps pouvaient avoir des cellules B mémoire), puis il a été frappée par une autre vague encore plus grande causée par la variante gamma qui a dévasté sa population. À Delhi, en Inde, il a été supposé en janvier 2021 que l’immunité collective contre le SRAS-CoV-2 pourrait avoir été obtenue après des tests d’anticorps révélant que 60% de sa population portait des anticorps contre le SRAS-CoV-2. Tout comme le Brésil, l’Inde a ensuite été dévastée par un virus adapté, cette fois le variante delta.

Un schéma émergent est que chaque nouvelle vague qui enveloppe une nation est causée par différentes variantes du virus. Les États-Unis ont connu 4 vagues majeures de SARS-CoV-2, chacune causée par une variante différente. Nous avions le virus de type sauvage, le variant D614G, le variant alpha et le variant delta (voir figure ci-dessous).

Il est également évident que chaque onde majeure est provoquée par une variante qui possède des propriétés d’échappement immunitaire. Ces vagues arrivent fréquemment, au moins plusieurs par an, et dépassent notre capacité à produire et à administrer des vaccins hautement efficaces. Malheureusement, de futures variantes attendent également dans les coulisses, notamment les variantes kappa et lambda, qui pourraient également provoquer de grandes vagues d’infections à l’avenir. La variante lambda est la plus préoccupante car elle possède des propriétés d’échappement immunitaire et présente des mutations significativement différentes (G75V, T76I, L452Q, F490S, D614G, T859N et une délétion Δ246-252) par rapport à autres variantes.

L’immunité collective n’est plus possible, le virus est en train de muter et a probablement des hôtes animaux. Nous devons relever la barre des résultats de santé publique, en nous concentrant non seulement sur les décès, mais aussi sur la morbidité et le syndrome du long-courrier qui peuvent être trop fréquents, même avec le vaccin. infections de percée. Le SRAS-CoV-2 n’est pas la grippe, il ne disparaît pas avec les saisons et il affecte tous les organes du corps. L’émergence d’une variante à haute conséquence est presque certaine avec l’évasion de la protection du vaccin et notre capacité à le détecter avec des tests. Ralentir la réplication et la mutation de ce virus est de la plus haute importance. Pour ce faire, nous devons prendre les mesures suivantes pour ralentir la propagation virale :

• Mettez à jour les recommandations pour l’utilisation des masques et pour utiliser les masques N95 ou KN95 dans la mesure du possible.
• Tous ceux qui le peuvent doivent se faire vacciner. Comme en Israël, nous devrions accélérer l’approbation des rappels d’ARNm pour ceux qui sont à risque plus élevé, y compris ceux qui sont immunodéprimés et âgés de plus de 60 ans et à 5 mois de la vaccination.
• Améliorer les systèmes de ventilation des bâtiments pour augmenter les échanges d’air et la désinfection de l’air.
• Étendre les capacités de test pour pouvoir tester les travailleurs de première ligne et les écoliers au moins deux fois par semaine, et les autres travailleurs au moins une fois par semaine.
• Limiter la taille des rassemblements, y compris le regroupement dans les écoles et des plans pour un enseignement hybride permanent pour limiter la taille des classes.
• Les entreprises, y compris les restaurants, doivent proposer la commande en ligne ainsi que le ramassage en bordure de rue et, si possible, la livraison à domicile.
• Tout le monde doit être vacciné. Les vaccins obligatoires devraient être exigés dans de nombreux contextes, y compris les soins de santé. Des passeports vaccinaux ou des cartes vertes sont en cours de mise en œuvre en Israël et en France et doivent être mis en œuvre aux États-Unis.

Les mesures ci-dessus sont également nécessaires pour restaurer la confiance des consommateurs et maintenir notre économie. Nous devons planifier et investir dans des solutions à long terme. Ce virus pourrait disparaître, comme la grippe de 1918, ou il pourrait être présent pendant des décennies, comme la polio, la rougeole et la variole. Des messages cohérents et une adoption généralisée des vaccins ainsi que des mesures de santé publique sont essentiels pour fournir à notre industrie pharmaceutique le temps nécessaire pour formuler de nouveaux vaccins et thérapies capables de traiter et de prévenir efficacement les infections.